Mac OS X をYosemite（10.10）にアップデートしたところ、システム環境設定の通知センターの設定が、設定すれど設定すれど元に戻ってしまう現象が発生したので、対処方法をメモしておきます。

1. FinderでLibrary > Application Support内のNotificationCenterフォルダを適当な場所（デスクトップなど）に移動する。
2. ターミナルを起動し、以下のコマンドを打ち込む

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$ cd `getconf DARWIN_USER_DIR`
$ rm -rf com.apple.notificationcenter
$ killall usernoted
$ killall NotificationCenter

1. ターミナルを終了し再起動
2. 1で移動したNotificationCenterフォルダを元の場所に戻す

以上です。

当方の環境ではこれで、通知センターの設定がリセットされることはなくなりました。

参考：Notifications preferences don’t hold | Apple Support Communities